Tất cả các virus AI đều thuộc nhóm cúm A trong họ virus Orthomyxoviridae và tất cả các phân nhóm của virus cúm A đều có thể lây nhiễm các loài chim. Chi virus cúm nhóm A được chia thành các phân nhóm dựa vào loại protein hemagglutinin (H) và neuraminidase (N) nằm trên lớp vỏ protein bao bọc lõi virus. Có tất cả 16 loại protein H, đối với mỗi loại thì lại có đến 9 phân nhóm protein N, như vậy tổ hợp lại thì có khả năng tạo ra 144 phân nhóm virus cúm gà khác nhau. Ngoài ra, tất cả mỗi phân nhóm virus trên lại có thể chia làm 2 phân nhóm xâm nhiễm: đặc tính xâm nhiễm thấp (LPAI) và cao (HPAI), điều này phụ thuộc vào độc tính của virus đối với các quần thể gia cầm.

Người ta đang lo ngại rằng các loài virus cúm gia cầm có thể tiến hành chuyển đổi tính kháng nguyên để có khả năng vượt qua các rào cản khác loài (vd. từ chim có thể lây sang người). Nếu thực sự biến chủng này được tạo ra thì nó sẽ vừa mang tính đa hình cực cao (khó kiểm soát) và có độc tính mạnh (khó chữa trị). Một biến chủng như vậy có thể gây nên một đại dịch tương tự như Dịch cúm Tây Ban Nha đã làm tử vong 50 triệu người vào năm 1918.

Tuy nhiên, các đặc điểm di truyền giữa các biến chủng gây bệnh trên người và trên gia cầm có sự khác biệt đáng kể, không dễ vượt qua. Ngay cả trong các phân nhóm của virus cúm gà cũng mang những đặc điểm khác nhau. Các virus cúm gà H5 và H7 có thể có cả dạng "gây nhiễm cao" và "gây nhiễm thấp", phụ thuộc vào đặc điểm di truyền và mức độ nghiêm trọng của bệnh mà chúng gây ra; tuy nhiên, virus cúm H9 thì chỉ có dạng "gây nhiễm thấp".

H1N1

Phân nhóm H1N1 là chủng virus cúm A được phân lập đầu tiên. Đầu tháng 10 năm 2005, các nhà khoa học tuyên bố rằng họ đã khôi phục thành công chủng virus gây ra dịch cúm Tây Ban Nha. Những trình tự gene cho thấy đại dịch năm 1918 này là do virus phân nhóm H1N1 gây ra, thường được coi là chủng gây cúm lợn nhưng có khả năng truyền nhiễm.

Vào tháng 3 và tháng 4 năm 2009 một đợt bùng phát dịch với một chủng mới của virus H1N1 đã dẫn đến gần 2.000 ca nhiễm và hàng chục người đã chết. Tính đến ngày 6 tháng 5 năm 2009 đã có 1.893 ca nhiễm tại 23 quốc gia, nhiều nhất là ở Mehico, trong số đó có 31 ca đã tử vong (27 tại Mehico, 2 tại Mỹ), theo WHO.

H5N1

H5N1 là phân nhóm virus cúm gia cầm có khả năng xâm nhiễm cao. Từ 1997, sự bùng phát của virus H5N1 đã làm nhiễm bệnh và chết hàng chục triệu gia cầm.

Từ tháng 12 năm 2003 đến tháng 5 năm 2009 đã có 258 người tử vong do cúm gia cầm trong số 423 ca nhiễm H5N1 tại 15 nước, chủ yếu ở châu Á, theo số liệu của Tổ chức Y tế Thế giới-WHO.

Đến tháng 5 năm 2009 Indonesia là nước có nhiều ca tử vong nhất do H5N1, với 115 người chết trong 141 ca nhiễm. Ở Việt Nam có 56 ca tử vong trong 111 người nhiễm kể từ 2003, theo WHO. Việt Nam tuyên bố có năm bệnh nhân nhiễm và tử vong vì H5N1 từ đầu 2009. Ca tử vong gần đây nhất là Nguyễn Duy Hoàng Huy (SN 2009), trú tại ấp 1, xã Tân Hội Trung, (huyện Cao Lãnh, tỉnh Đồng Tháp) đã tử vong ngày 04/4/2013.

H5N1 được coi là tâm điểm của sự chú ý và cảnh báo rằng một biến chủng từ phân nhóm H5N1 có thể tự biến đổi (hoặc tái tổ hợp) để có thể lây từ người sang người,tạo thành một chủng virus có khả năng gây đại dịch cúm toàn cầu.

Các chủng khác

Từ năm 1997, các phân nhóm H5N1, H7N2, H7N3, H7N7, và H9N2 đã được phát hiện xâm nhiễm vào người.

H2N2Gây nên dịch cúm châu Á vào năm 1957 và 1958 đã làm chết khoảng 1 triệu người trên thế giới.H3N2Phát triển từ chủng H2N2 do biến đổi di truyền và gây nên dịch cúm Hồng Kông vào năm 1968, 1969 đã gây tử vong 750.000 người, Đây là đại dịch gây tử vong lớn nhất thế kỷ 20.H7N2Với sự bùng phát phân nhóm H7N2 trong gia cầm vào năm 2002, 44 người đã được phát hiện là bị nhiễm virus tại bang Virginia, Hoa Kỳ.H7N3Ở Bắc Mỹ, người ta đã phát hiện chủng virus cúm gà H7N3 tại một số trang trại gia cầm tại British Columbia vào tháng 2 năm 2004. Cho đến tháng 4 năm 2004, đã có 18 trang trại phải cách ly để ngăn ngừa sự lan truyền của loài virus này. Có 2 trường hợp người dân vùng này bị nhiễm virus cúm.H7N7Trong năm 2003 ở Hà Lan, 89 người đã được chẩn đoán là nhiễm virus cúm H7N7 sau một đợt dịch cúm gia cầm từ một số trang trại lân cận. Một trường hợp đã tử vong. H9N2Loại virus này đã được nghiên cứu cho thấy chỉ là dạng "gây nhiễm thấp". Có 3 trường hợp phát hiện ở Trung Quốc và Hồng Kông cho thấy bị nhiễm virus và tất cả đều đã qua khỏi. Trong tháng 10, 2005, một dịch cúm bùng phát tại thị trấn Tolima, Hoa Kỳ. Tuy nhiên, không một trường hợp nào bị virus gây nhiễm cho người. H7N9

Bài chi tiết:Virus cúm A phân nhóm H7N9

Loại virus H7N9 là loại virus cúm gia cầm mới vừa được phát hiện có khả năng lây từ gia cầm sang người và có tỉ lệ tử vong cao,bùng phát tại Trung Quốc từ tháng 3 năm 2013 và tập trung chủ yếu ở các tỉnh phía đông Trung Quốc. Hầu hết các trường hợp được báo cáo nhiễm ở người người đều dẫn đến suy hô hấp nặng. H7N9 thường trú ẩn trong cơ thể của chim bồ câu,gà và vịt nhưng không phát hiện trên cá đàn chim di cư.Nó là sự kết hợp gene của các virus khác nhau. Trong virus này, 6 gen bên trong nó là từ virus cúm gia cầm H9N2, nhưng nguồn gốc của cả gen hemagglutinin (H) và gen neuraminidase (N) đều chưa được xác định rõ . Tính đến ngày 27/5/2013 đã có 130 ca mắc bệnh tại Trung Quốc,1 ca mắc tại Đài Loan và trong đó đã có 37 ca tử vong , tỉ lệ tử vong vào khoảng 28%H6N1Loại virus H6N1 là loại virus cúm gia cầm mới nhất vừa được phát hiện ở một cô gái 20 tuổi tại Đài Loan ngày 21 tháng 6 năm 2013. H6N1 là chủng virus cúm nguy cơ thấp thường được phát hiện ở gia cầm.